Peking körzetében már az i. e. 1. évezredben voltak városok, és a Yan állam (燕) (a „hadakozó fejedelemségek korának” egyik hatalma) fővárosát a mai Peking-környéki Jiben (蓟) alapították meg. Jit sokan tartják a mai Peking elődjének; az igazság azonban az, hogy Ji városa már a 6. század előtt elnéptelenedett. Ji pontos helyszínét a mai napig nem sikerült megtalálni, annak ellenére, hogy jelentős erőfeszítéseket tesznek felkutatására.

A Sui és a Tang dinasztiák idején csak kisebb városok épültek ezen a területen. Korabeli költők nagy számban érkeztek erre a helyre és – költeményeik tanúsága szerint – búsultak az elveszett város miatt.

Az észak-kínai késői Jin-dinasztia (936–947) 936-ban az ország északi területeinek nagy részét (benne Pekinget) átadta a Liao-dinasztia részére. 938-ban a Liao-dinasztia saját területének déli részén, a mai modern Peking területén új fővárost hozott létre Nanjing néven (a „déli főváros”). 1125-ben a dzsürcsen uralkodókhoz tartozó Jin-dinasztia bekebelezte Liao-t és 1153-ban áthelyezte fővárosát Liao Nanjing városába, elnevezve azt Zhongdu-nak (中都), vagy „Központi fővárosnak”. Zhongdu a mai Peking központjától valamelyest délkeletre elhelyezkedő Tianningsi nevű területen helyezkedett el.

A mongol hadak 1215-ben porig égették Zhongdut és 1267-ben, a Jin fővárostól északra felépítették saját „Hatalmas Főváros”-ukat, Dadu-t (大都), ami a jelenlegi Peking valódi elődjének számít. Marco Polo írásaiban Cambulucként említi ezt a helyet. A jelek szerint a kínai császári ambíciókat dédelgető mongol Kubilaj kán Pekingben rendezte be fővárosát más, közép-kínai, hagyományos városok helyett, tekintettel arra, hogy Peking mongóliai hatalmi bázisához közelebb helyezkedett el. A kán döntése jelentősen megerősítette a Kína északi peremén elhelyezkedő város státuszát, amely addig kiesett az ország vérkeringésből. Dadu a modern Peking központjától északra helyezkedett el. Központja a mai főváros 2. körgyűrűje volt, és egészan a 3. és a 4. körgyűrű közötti területig tartott. Még ma is állnak a mongolkori városfal maradványai.

Zhu Di (朱棣), a 3. Ming császár, a Ming fővárost 1403-ban Nanjingból Beijingbe (北京), vagyis az „Északi Fővárosba” helyezte át, tőle származik a város mai neve is. Peking a Ming-dinasztia idején nyerte el mai formáját, a Ming időkben épített városfal egészen a modern korig szolgált védelmi objektumként, amikor is lebontották és helyén épült fel a 2. körgyűrű (körgyűrűket lásd később).

Nem sokkal ezután, 1406–1420 között felépült a Tiltott város, majd a Mennyei béke temploma (1420), és számos, máig is jelentős építészeti alkotás. A Tiananmen tér, ami Kína állami szimbóluma és még címerében is megjelenik, kétszer is lángok martalékává vált a Ming-dinasztia idején, végleges helyreállítására 1651-ben került sor.

A Tiltott Város, Ming- és Qing-dinasztia-beli császárok lakóhelye

Amikor a mandzsuk megdöntötték a Ming-dinasztiát, és helyette megalapították a Qing-dinasztiát, Pekinget megtartották a dinasztia fővárosának.

Az 1911-es kínai polgári forradalom, amely a Qing hatalom helyébe köztársaságot kívánt állítani, eredetileg Nanjingba kívánta helyezni fővárosát. Miután Yuan Shikai, a Qing császár miniszterelnöke Pekingben lemondatta az uralkodót, biztosítva a forradalom győzelmét, a nanjingi forradalmárok elfogadták, hogy Yuan legyen a Kínai Köztársaság elnöke és az ország fővárosa maradjon Pekingben.

Yuan fokozatosan megszilárdította hatalmát, végül 1915 végén kikiáltotta a Kínai Császárságot, amelynek császárává magát nyilvánította. E lépése nagyon népszerűtlen volt, maga Yuan kevesebb, mint egy évvel később meghalt, ezzel vége szakadt rövid uralkodásának. Kína különböző katonai diktátorok hatalmába került, akik közül a legerősebbek rendszeresen háborúztak a Peking feletti hatalom megszerzéséért.

A Guomindang Északi hadjáratának sikere után, amelynek során békét kötött az északi hadurakkal, 1928-ban az akkor Kínai Köztársaság fővárosa Nanjing lett; Pekinget Beiping-re (Északi Béke) nevezték át, ezzel is jelezve a Pekingben székelő hadi kormányzat illegitimitását.

A 2. kínai–japán háború során Beiping 1937. július 29-én Japán kezére került. A megszállás idején a város visszakapta korábbi nevét, a Pekinget , és itt helyezkedett el az Észak-Kínai Végrehajtó Bizottság (华北政务委员会), a japán megszállás alatt álló Észak-Kínát igazgató bábállam. Amikor azonban Japán 1945. augusztus 15-én kapitulált a II. világháború végén, Peking nevét újra Beipingre változtatták.

A kínai polgárháborúban, 1949. január 31-én, a kommunista erők harc nélkül elfoglalták Pekinget. Ugyanazon év október 1-jén a Mao Zedong vezetése alatt álló Kínai Kommunista Párt a pekingi Tiananmen téren bejelentette a Kínai Népköztársaság megalakítását. A Kínai Népi Politikai Tanácskozó Testület úgy döntött, hogy a Beiping elnevezést visszaállítják Pekingre, és ez a város lesz Kína fővárosa.

Akkoriban Peking tartományi jogú város csak a fővárosból és néhány elővárosból állt. Az 50-es évektől kezdve sok környező tartományt olvasztottak be, többszörösére növelve ezzel a város területét. A Deng Xiaoping által elindított gazdasági reformok hatására Peking városa is hatalmas növekedésnek indult. Ez a növekedés azóta is tart: míg az 50-es években a városhatárt a 2. körgyűrű jelentette, ma már a hatodik épül.

Guomao kerületben új kereskedelmi zóna alakult ki, Wangfujing és Xidan körzetek új bevásárlóközpontokat építettek, míg Zhongguancun Kína új elektronikai központját építette ki.

1989-ben, a Tiananmen téren a karhatalom vérbe fojtotta a demokráciát követelő diáklázadást.